Titre de la thèse :
Des données environnementales « omics » à la modélisation des processus biogéochimiques dans l’océan

Mots clefs :
Diversité génomique environnementale, diversité fonctionnelle, réseaux de co-occurrente, bioinformatique, cycles biogéochimiques, océanographie, modélisation, plancton

Co-direction :
• Lucie Bittner ([email protected]), MCF UPMC, Evolution Paris Seine, Institut de Biologie Paris Seine, UMR 7138, 9 Quai Saint-Bernard (Bâtiment B), 75005 Paris, France.
• Sakina-Dorothée Ayata ([email protected]), MCF UPMC, Laboratoire d’Océanographie de Villefranche sur mer, UMR 7093, Station zoologique, 181 chemin du Lazaret, 06230 Villefranche sur mer, France.

Résumé court du sujet de thèse :
Les communautés planctoniques jouent un rôle central dans le fonctionnement des cycles biogéochimiques océaniques. Néanmoins, comprendre le lien entre diversité planctonique, conditions environnementales, et cycles biogéochimiques reste un des défis majeurs de l’océanographie contemporaine. En parallèle, le développement des méthodes de séquençage à haut-débit a permis l’acquisition d’une quantité de données inédite sur la diversité moléculaire et la génomique des communautés planctoniques à l’échelle globale. Pour faire le lien entre ce nouveau type de données et les grands cycles biogéochimiques, il est nécessaire de proposer de nouvelles méthodologies permettant à la fois de décrire cette biodiversité et de quantifier son impact sur le fonctionnement des écosystèmes.
Dans ce contexte, l’objectif de cette thèse est de développer une nouvelle approche visant à quantifier la diversité fonctionnelle des communautés planctoniques et son rôle dans les cycles biogéochimiques. De grands jeux de données “-omics” environnementaux produits par du séquençage à haut-débit seront utilisés pour 1) inférer les traits fonctionnels (ou fonctions) des organismes planctoniques, 2) identifier des groupes fonctionnels au sein des communautés planctoniques, et 3) incorporer ces groupes fonctionnels dans un modèle biogéochimique océanique afin de modéliser leur dynamique spatio-temporelle. Cette méthodologie sera développée sur des données déjà existantes, en particulier collectées dans le cadre de la campagne Tara Oceans.
Ce projet de thèse se situe à l’interface entre biologie moléculaire, biologie des systèmes, écologie du plancton, océanographie, et modélisation. Il s’inscrit dans le cadre du projet FunOmics (Estimating functional diversity of plankton communities from high throughput data), financé par les programmes LEFE et EC2CO du l’INSU (PI : Sakina-Dorothée Ayata). Il a été retenu par le programme doctoral Interfaces pour le Vivant (IPV) de l’UPMC.

Le sujet de thèse intégral est disponible ici :
http://plankdiv.obs-vlfr.fr/phd_2016/These_Genomique-oceanographie-modelisation_IPV_2016.pdf

Candidatures et sélection des candidats :
Les candidats ont jusqu’au 8 avril pour contacter les encadrantes ([email protected], [email protected]) et faire acte de candidature en envoyant un CV et une lettre de motivation.
Des entretiens skype seront organisés la semaine suivante pour sélection un(e) candidat(e) et transmettre son dossier au programme IPV avant le 18 avril.
La personne retenue devra ensuite passer une audition le 19 ou 20 mai devant la commission du programme IPV.

Pour plus d’information sur le programme IPV de l’UPMC :
http://www.ifd.upmc.fr/fr/vous_avez_dit_une_these_a_l_upmc/programmes_doctoraux2/programme_doctoral_interfaces_pour_le_vivant_ipv.html

Le contenu de cette offre est la responsabilité de ses auteurs. Pour toute question relative à cette offre en particulier (date, lieu, mode de candidature, etc.), merci de les contacter directement.

Pout toute autre question, vous pouvez contacter [email protected].