Ce projet de thèse relève de l’épidémiologie, de l’écologie spatiale et de l’écologie des communautés. Il se focalise sur les relations hôtes parasites, et l’animation de réseaux (sciences citoyennes) dans le domaine des sciences de la conservation.
Objectifs Contexte
Volet 1 : Rôle des dynamiques de distributions d’espèces dans la dynamique d’un pathogène.
(1) comment la distribution d’un agent pathogène natif (Chytride, Bd, non létal) est-elle contrainte par les distributions d’amphibiens natifs ?
(2) Comment l’apparition d’espèces porteuses exogènes (Grenouille taureau, Discoglosse peint) influe-t-elle sur les changements de distribution du pathogène (e.g. effet réservoir, etc.) ?
Nous chercherons dans ce volet à expliquer et prédire la distribution de Bd dans différentes communautés d’Amphibiens (entre 5 et 12 espèces porteuses natives), dont les prévalences et les charges parasitaires varient fortement.

Volet 2 : Modélisation prédictive du risque associé à la Chytridiomicose Basl pour les salamandres
(1) Comment un nouveau pathogène létal diffuse-t-il à travers les populations d’amphibiens ?
Ce volet vise à prédire la dynamique d’un pathogène (Bs) des Urodèles. Bs est apparu en 2015 suite à l’introduction d’animaux d’élevage en provenance des Pays-Bas (salamandres d’Asie, porteuses saines). Le pathogène est observé très localement en Belgique et Allemagne, toujours associé à des mortalités. Ce nouvel agent vient d’être identifié en France, dans des populations éloignées du Nord-Est. Il se pose sérieux problème de conservation pour les populations de Tritons et Salamandres de France.
Nous chercherons ici à estimer la dynamique de ce pathogène (transmission entre populations, existence d’espèces résistantes, effets réservoirs, etc.) et leur résultante pour les populations d’hôtes à partir de modèles mécanistes de la dynamique épidémiologique du pathogène et de ses hôtes, calibrés à partir de données acquises sur les foyers actuels.

Volet 3 : Epidémiologie des Ranaviroses
(1) Quelle est la distribution d’un agent pathogène (Ranavirus, Rv, létal) en France ?
(2) Quelles sont les espèces observées en France et impliquées (ou non) dans des mortalités d’amphibiens)
(3) Quels sont les raisons de l’apparition de ce pathogène dans les populations d’amphibiens ?
Nous chercherons dans ce volet à décrire la distribution actuelle des différents Ranavirus identifiés de par le monde, et à l’origine de mortalités chez les amphibiens. Ce volet comportera des analyses transversales (recherche du pathogènes dans les populations d’amphibiens dans les régions où une mortalité massive est observée, comme dans le Jura et dans les Alpes du Sud) et des analyses longitudinales (recherche du pathogène dans tous les compartiments biologiques dans des sites touchés par une ranavirose au cours d’un cycle biologique).
Ce projet permettra de confronter des problématiques issues de plusieurs champs disciplinaires particulièrement actifs :
– Ecologie spatiale : comment expliquer et prédire l’influence des interactions biotiques sur la distribution spatiale des espèces et la composition des communautés qui en résultent ?
– Ecophylogénétique : comment la prise en compte de données moléculaires (identification de lignées) informe-t-elle ces modèles spatiaux ?
– Biogéographie de la conservation : comment des projections issues de modèles de distribution à large échelle contribuent-elles à la mise en place de mesures de conservation appropriées à un enjeu local (ici, les introductions de pathogènes)?
Cette thèse pourra être valorisée par des articles originaux exploitant des méthodes distinctes mais complémentaires :
– Modélisation statistique des interactions biotiques dans un contexte de relations hôtes-parasites spatialisé et dynamique (volet 1)
– Modélisation mécaniste d’une dynamique d’invasion (volet 2)
– Modélisation spatialisée de données opportunistes (volet 3)
Le(a) canditat(e) recherché(e) devra démontrer des compétences et une motivation pour les analyses statistiques et la modélisation.

Contactez Claude Miaud : [email protected]

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