Contexte : La Directive Cadre sur l’Eau (DCE, 2000) prescrit une libre circulation des poissons migrateurs sur les cours d’eau. Dans ce contexte, de nombreuses techniques d’échantillonnage sont utilisées (piégeage, filets, télémétrie, hydroacoustique,…) pour suivre l’abondance des stocks des populations et étudier la recolonisation de bassins versants par ces espèces. Parmi ces techniques, l’hydroacoustique, méthode non intrusive, permet l’observation et la description des populations de poissons en utilisant les propriétés physiques du son dans l’eau et permet une observation nocturne et en eaux turbides. Le DIDSON (Dual-frequency IDentification Sonar) est un outil acoustique de dernière génération dont les émissions à haute-fréquence permettent la visualisation de la morphologie et du comportement de nage des poissons.
Dans le cadre du Programme scientifique « Effacement des barrages de la Sélune » piloté par l’INRA et financé par l’Agence de l’Eau Seine Normandie, une caméra acoustique DIDSON est installée sur cette rivière depuis juillet 2013 afin de suivre les populations de poissons migrateurs. Ce fleuve abrite plusieurs espèces de migrateurs amphihalins dont le saumon atlantique (Salmo salar), espèce à fort intérêt patrimonial et présente sur la liste rouge européenne de l’UICN (Union Internationale pour la Conservation de la Nature). Son aire de répartition est limitée à 30% de la surface du bassin versant de la Sélune par la présence de deux grands barrages infranchissables qui seront effacés à l’horizon 2020.
A ce jour, et dans le cadre d’une thèse (F. Martignac 2013-2015), une méthode utilisant le logiciel Sonar5-Pro permet de suivre de manière semi-automatique le nombre de saumon atlantique remontant la Sélune depuis août 2013. Des critères tels que la taille, la vitesse et la direction de nage du poisson permettent de sélectionner avec ce logiciel les cibles comme étant des saumons potentiels. Un grand nombre de cibles (d’une centaine à plusieurs centaines par mois en fonction de l’activité biologique) est considéré comme étant du saumon par cette approche, mais une vérification visuelle est donc nécessaire et indispensable afin de confirmer que la cible sélectionnée est un saumon.

Objectifs du stage : Le stage consistera à améliorer la méthodologie existante de suivi des saumons atlantiques. Il s’agira d’étudier des paramètres non explorés avec le logiciel Sonar5-Pro (forme, élongation,…) afin de diminuer le nombre de cibles à vérifier visuellement, et donc rendre le traitement des données moins chronophage. L’utilisation de ces nouveaux paramètres doit permettre de supprimer les cibles n’étant pas du poisson sans éliminer celles considérées comme des saumons.
La dynamique migratoire du saumon atlantique sera analysée en relation avec les paramètres environnementaux (vitesse de courant, hauteur d’eau et température) enregistrés en continu sur le site depuis août 2013.
La validation des nouveaux critères d’identification et l’analyse de l’influence des conditions environnementales sur l’activité de migration nécessiteront l’utilisation d’outils statistiques.

Durée du stage : 6 mois
Période envisagée pour le début du stage : Janvier/Février 2016
Ce stage pourrait se poursuivre par un CDD recruté dans le cadre du programme de suivi scientifique de l’effacement des deux grands barrages sur la Sélune.

Compétences requises :
– Notions en écologie aquatique
– Connaissances de base en analyse statistique
– Maîtrise de l’outil informatique (Excel, Word …)
– Un goût pour le traitement des données est nécessaire
– Bonne capacité d’analyse et de synthèse

Contacts : Aurélie Daroux [email protected]
Jean Guillard [email protected]

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